Die Historische Kommission wurde am 13. Mai 1923 in Königsberg gegründet. Ihre Aufgabe ist nach der Satzung vor allem, „[…] Quellen und Darstellungen aus dem Gebiet der ost- und westpreußischen Geschichte in wissenschaftlicher Form zu erarbeiten, herauszugeben und wissenschaftliche Arbeiten […] anzuregen und zu unterstützen“. Seit den 1970er Jahren intensivierte sich die Zusammenarbeit mit polnischen Forscherinnen und Forschern. Heute versteht sich die Kommission als Vermittlerin internationaler und interdisziplinärer Forschung zu den historischen Regionen Ost- und Westpreußen.