Die Kommission nahm bereits mit der Gründungsversammlung ihre Arbeit auf. So wurde die Herausgabe einer Zeitschrift mit dem Titel „Altpreußische Forschungen“ beschlossen, das „Preußische Urkundenbuch“ sollte fortgesetzt, eine Bibliographie zu Ost- und Westpreußen begonnen und Editionsvorhaben sollten beantragt werden. Die erste reguläre Mitgliederversammlung fand am 12. Juni 1924 auf der Marienburg statt. Sie wählte neue Mitglieder in den Vorstand, darunter Max Hein, den künftigen Direktor des Staatsarchivs Königsberg (ab 1927) und langjährigen Kommissionsvorsitzenden (1927-1949), und bestimmte den geschäftsführenden Ausschuss. 1924 erschienen auch die beiden ersten Hefte der „Altpreußischen Forschungen“. Die Zeitschrift bot nicht nur Raum für wissenschaftliche Arbeiten aus verschiedenen Disziplinen, für Buchbesprechungen und die von Ernst Wermke betreute jährliche Bibliographie, sondern zunehmend auch für Berichte über die Jahrestagungen und die Kommissionsarbeit. Noch das erste Heft der „Altpreußischen Forschungen“ von 1933 enthält einen Bericht über die Jahresversammlung in Königsberg am 29. und 30. Oktober 1932 in Königsberg, die auch den geschäftsführenden Vorstand bestätigte bzw. ergänzte.

Damit brechen jedoch die Nachrichten über die interne Kommissionsarbeit ab. Die für 1933 geplante Jahresversammlung in Preußisch Holland wurde auf 1934 verschoben, und danach ist nur noch für 1937 eine weitere Jahrestagung in Insterburg belegt, auf der nicht überlieferte Satzungsänderungen beschlossen wurden. Auch die Zusammensetzung von Vorstand und geschäftsführendem Ausschuss bleibt aufgrund fehlender Dokumentation unklar. Sicher ist nur, dass Max Hein als Vorsitzender weiter amtierte und dass nach dem Tod des 2. Vorsitzenden, des ehemaligen Danziger Senators Hermann Strunk (†1933), Erich Keyser, Direktor des Landesmuseums für Danziger Geschichte, in dieser Funktion nachfolgte. Beide blieben über die NS-Zeit hinweg im Amt, eine „Gleichschaltung“ der Kommission, wie etwa bei der Historischen Kommission für Pommern, scheint nicht erfolgt zu sein. Dennoch engagierten sich führende Mitglieder der Kommission, so der 2. Vorsitzende Keyser und Theodor Schieder, seit 1935 Leiter der „Landesstelle Ostpreußen für Nachkriegsgeschichte“ und seit 1939 alleiniger Herausgeber der „Altpreußischen Forschungen“, für die Bevölkerungs- und Rassenpolitik der NSDAP. Keyser wertete 1943 die Pogrome von 1938 als Beginn einer erfolgreichen „Entjudung des deutschen Volksraums“ und führte den Krieg gegen England und Frankreich auf „jüdische Hetze“ zurück, die „gemeinsam mit dem Bolschewismus“ gewirkt habe.

Ungeachtet der politischen Veränderungen ging allerdings die Arbeit an den Kommissionsprojekten auch nach 1933 weiter. Neben den „Altpreußischen Forschungen“, von denen 1944 ein letztes Heft erschien, waren dies insbesondere das „Preußische Urkundenbuch“, das „Preußische Wörterbuch“ und ein Atlasprojekt. Unter der Leitung von Christian Krollmann wurde zudem die „Altpreußische Biographie“ begonnen, die bis 1944 bis zum Buchstaben P geführt wurde und nach dem Vorbild der „Allgemeinen Deutschen Biographie“ in der Regel sachlich blieb, auch wenn in Konkurrenz zu polnischen Sammlungen der „rein deutsche Charakter der […] Ost- und Westpreußen“ (Hein) bewiesen werden sollte und bei der Personenauswahl „Juden oder sonst Mißliebige“ (Gause) weitgehend ausgeschlossen blieben. In den „Altpreußischen Forschungen“ gab es zwar nur einmal, im Band von 1940 zur Besetzung des historischen Westpreußens, eine politische Stellungnahme, doch hörte zugleich unter Schieder die intensive Besprechung polnischsprachiger Arbeiten auf, während die Ostpreußen angeschlossenen Gebiete in den Fokus der Veröffentlichungen traten. Auch bei der Reihe der Einzelschriften spielten mit der Arbeit von Fritz Gause über „Neue Ortsnamen in Ostpreußen“ und der Habilitationsschrift von Theodor Schieder zu „Deutsche[m] Geist und ständische[r] Freiheit im Weichsellande“ zeitbedingte Aspekte eine Rolle.

Schon vor 1945 war die Finanzierung der Kommissionsvorhaben schwierig, das Ende der Zweiten Weltkriegs brachte dann auch das vorläufige Ende der Kommissionsarbeit. Wichtige Unterlagen blieben in Königsberg zurück oder verbrannten, während einige Materialien zu den Kommissionsprojekten mit den Beständen des Staatsarchivs Königsberg nach Westen ausgelagert werden konnten. Max Hein, inzwischen Direktor des Landesarchivs Schleswig-Holstein in Kiel bzw. im Schloss Gottorf, bemühte sich 1946/47 um eine Freigabe der erhaltenen Arbeitsunterlagen. 1947 wollte er zudem Theodor Schieder für eine Fortsetzung der „Altpreußischen Biographie“ gewinnen. 1949 fanden zwischen Max Hein, Erich Keyser, Wolfgang La Baume und Bruno Schumacher Gespräche über die Fortsetzung der Kommissionsarbeit unter den neuen politischen Bedingungen statt.

Eine Wiederbelebung der Kommission gelang allerdings erst nach dem Tod Heins im September 1949. Nach der Gründung des Johann Gottfried Herder-Forschungsrats in Marburg wandte sich Erich Keyser Ende August 1950 als 2. Vorsitzender an die Mitglieder der Historischen Kommission mit der Aufforderung zur erneuten Zusammenarbeit. Die Mitgliedschaft sollte bestätigt, neue Mitglieder gewonnen, archivalische Bestände gesichtet und neue Arbeiten vorgeschlagen werden. Am 16. Oktober 1950 trat die erste Mitgliederversammlung nach dem Zweiten Weltkrieg zusammen und beschloss eine Reihe von Änderungen der Satzung von 1923. Eine Liste der Mitglieder wurde erstellt, der Vorstand gewählt, anstehende Arbeiten und Projekte diskutiert.

In den folgenden Jahren wurden bereits vor dem Kriegsende oder in den letzten Jahren abgeschlossene Arbeiten zumeist in den „Wissenschaftlichen Beiträgen“ des Herder-Instituts oder den „Göttinger Bausteinen zur Geschichtswissenschaft“ veröffentlicht. Die eigene Reihe der Einzelschriften konnte erst wieder 1994 mit dem von Ernst Opgenoorth betreuten „Handbuch der Geschichte Ost- und Westpreußens“ fortgesetzt werden, von dem allerdings bis jetzt noch der Mittelalterband aussteht. In der Nachfolge der „Altpreußischen Forschungen“ erschien seit 1963 in kleinerem Format die Zeitschrift „Preußenland“, seit 2010 gibt die Kommission zusammen mit der Copernicus-Vereinigung für Geschichte und Landeskunde Westpreußens und dem Geheimen Staatsarchiv Preußischer Kulturbesitz das Jahrbuch „Preußenland“ heraus.

Die meisten größeren Projekte der Kommission konnten bald nach 1945 fortgesetzt werden. Das von Max Hein bis 1345 fortgeführte „Preußische Urkundenbuch“ wurde seit 1958 durch Hans Koeppen und Klaus Conrad fortgesetzt, der letzte geplante Band für die Jahre 1372-1382 ist in Zusammenarbeit mit dem Geheimen Staatsarchiv Berlin in Vorbereitung. Die „Altpreußische Biographie“ wurde seit 1961 durch Kurt Forstreuter, Fritz Gause und andere fortgesetzt und weiter ergänzt. Der 5. Band erschien in drei Lieferungen zwischen 2000 und 2015. Das Preußische Wörterbuch wurde 1951 an der Akademie der Wissenschaften der Literatur Mainz neu begründet, nachdem die von Walther Ziesemer angelegten Materialsammlungen verloren gegangen waren. Es konnte Ende 2003 unter Reinhard Goltz zum Abschluss gebracht werden. Der Historisch-geographische Atlas des Preußenlandes, zunächst bearbeitet von Hans und Gertrud Mortensen, wurde an der Göttinger Akademie der Wissenschaften weitergeführt, aber mit Lieferung 15 abgebrochen.

Grundlegend für den wissenschaftlichen Austausch waren und sind vor allem die Jahrestagungen der Historischen Kommission, die seit 1950 mit gewisser Regelmäßigkeit abgehalten wurden, neben anderen Tagungen, an denen die Historische Kommission organisatorisch beteiligt war. Eine wesentliche Änderung brachte dabei die Beteiligung des Kommissionsvorsitzenden Udo Arnold (1974-1995) an den deutsch-polnischen Schulbuchgesprächen, die eine Öffnung nach Polen zur Folge hatte. Danach wurden nicht nur zunehmend mehr polnische und litauische Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler in die Kommission aufgenommen, zunächst als korrespondierende Mitglieder, sondern seit 1996 fanden auch zahlreiche Jahrestagungen in Polen statt, insbesondere in den historischen Regionen Ost- und Westpreußen. Eine wichtige Voraussetzung war zudem die bessere Zugänglichkeit der Archive in Deutschland wie in Polen, für die dann die politische Wende 1989/90 noch einmal Verbesserungen brachte.

Die zunehmende Normalisierung der deutsch-polnischen Beziehungen vom Warschauer Vertrag 1970 bis zum EU-Beitritt Polens 2004 trug auch zur Intensivierung der nach den Schulbuchgesprächen aufgebauten wissenschaftlichen Kontakte bei. Auf deutscher Seite erweist es sich jedoch inzwischen als Problem, dass die Historische Kommission nicht mehr in den durch ihre Mitglieder erforschten Regionen angesiedelt ist. Die Geschichte Ost- und Westpreußens wird sowohl an den deutschen Universitäten wie auch an wissenschaftlichen Institutionen nur noch im Ausnahmefall behandelt. „Preußen“ wird, mit dem Fokus auf Brandenburg-Preußen, vor allem aus der Perspektive des Gesamtstaats wahrgenommen. Einzig die beiden Landesmuseen, das Ostpreußische Landesmuseum in Lüneburg wie das Westpreußische Landesmuseum in Warendorf bieten einer breiteren Öffentlichkeit noch konkrete, fundierte Informationen zu den beiden Regionen.

Vor diesem Hintergrund erklärt sich, dass die Forschung über Ost- und Westpreußen heute nur noch in internationaler und interdisziplinärer Kooperation, vor allem mit den Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern Polens, Litauens und weiterer Nachbarländer, nicht nur aus der Geschichtswissenschaft, sondern auch aus den anderen geisteswissenschaftlichen Disziplinen, möglich ist. Die Kommission sieht sich hier als Vermittlerin und Initiatorin von Forschung. So sollen die beiden für die europäische Geschichte bedeutsamen historischen Regionen nicht nur in Deutschland, sondern auch in den anderen europäischen Ländern weiterhin in den wissenschaftlichen Diskurs integriert werden, damit der übergreifende Dialog zwischen den Forscherinnen und Forschern möglich bleibt.